La resistenza agli antibiotici è un fenomeno naturale causato dalle mutazioni genetiche a cui vanno incontro i batteri. Tuttavia un uso eccessivo e improprio degli antibiotici accelera la comparsa e la diffusione dei batteri resistenti agli antibiotici. I batteri sensibili muoiono quando entrano in contatto con gli antibiotici mentre i batteri resistenti sopravvivono e continuano a moltiplicarsi. I batteri resistenti possono trasmettersi e causare infezioni anche in altre persone che non hanno fatto uso di antibiotici.

Un antibiotico viene usato in modo improprio quando non serve: nella maggior parte dei casi raffreddore e influenza sono causati da virus, ovvero da microrganismi contro i quali gli antibiotici NON sono efficaci. In questi casi l'uso di antibiotici non porta a nessun miglioramento: ad esempio, gli antibiotici non riducono la febbre né fanno smettere di starnutire.

Curare le infezioni causate da batteri resistenti è difficile, in quanto gli antibiotici normalmente utilizzati hanno perso efficacia ed è necessario ricorrere ad altri antibiotici. Questo può ritardare l'individuazione della terapia più appropriata e causare complicazioni che possono anche portare alla morte del paziente. Inoltre può essere necessaria una maggiore assistenza sanitaria e il ricorso ad antibiotici alternativi e più costosi, che tra l'altro possono avere effetti collaterali più gravi.

La situazione sta peggiorando in quanto stanno comparendo nuovi ceppi batterici resistenti contemporaneamente a più antibiotici; in questo caso si parla di batteri multiresistenti. Con il tempo questi batteri possono diventare resistenti anche a tutti gli antibiotici in circolazione. Senza antibiotici, si tornerebbe indietro all'epoca pre-antibiotica in cui non sarebbero più possibili trapianti d'organo, chemioterapie anticancro, terapie intensive e altre procedure mediche. Le malattie di origine batterica si diffonderebbero, non potrebbero essere più curate e sarebbero quindi mortali.

Un antibiotico viene usato in modo improprio anche quando viene usato in modo non corretto, ad esempio se si accorcia la durata del trattamento o si riduce la dose, non osservando la posologia corretta: in questo caso la quantità di farmaco presente nell'organismo sarà insufficiente per combattere efficacemente i batteri, che sopravvivono e possono così sviluppare resistenza.

I batteri multiresistenti (ovvero resistenti a più farmaci) possono causare una lunga serie di infezioni: infezioni delle vie urinarie, polmonite, infezioni cutanee, diarrea, infezioni del sangue.